Die Universität Straßburg ging aus einem lutherischen Gymnasium der Stadt Straßburg hervor, das 1538 gegründet und 1566 in eine Akademie umgewandelt wurde und 1621 den Status einer Volluniversität erhielt. Zur Zeit ihrer Gründung gehörte Straßburg noch zum Römisch-deutschen Reich. In den folgenden Jahrhunderten teilte die Hochschule die wechselvolle Geschichte der Stadt und des Elsass.
Obwohl Straßburg seit 1681 zu Frankreich gehörte, blieb die Universität bis zur Französischen Revolution 1789 im Wesentlichen eine deutsch geprägte Hochschule. Erst danach wurde sie in das französische Hochschulsystem integriert. Infolge des Deutsch-Französischen Krieges 1870/71 kam sie mit dem Elsass und Lothringen wieder unter deutsche Herrschaft. Sie wurde 1872 als Kaiser-Wilhelms-Universität neu gegründet und in den folgenden Jahrzehnten erheblich ausgebaut.
Nach dem Ende des Ersten Weltkrieges 1918 wurde sie wieder als französische und nach dem deutschen Sieg über Frankreich 1940 erneut als deutschsprachige Hochschule eingerichtete. Diese Reichsuniversität Straßburg bestand von 1941 bis Ende 1944, als alliierte Truppen das Elsass zurückeroberten. Anfang 1945 begann der Wiederaufbau als französische Hochschule. 1971 nach Fachrichtungen in drei eigenständige Universitäten aufgeteilt, wurde sie 2009 wiedervereinigt. Im Jahr 2019 zählte die Universität Straßburg 52.114 Studenten.
