L’église Sainte-Madeleine est une église-halle de style classique du XVIIIe siècle, du quartier Battant de Besançon, dans le Doubs en Bourgogne-Franche-Comté. Elle est reconstruite, entre 1746 à 1766, par l'architecte bisontin Nicolas Nicole, et dédiée à Marie de Magdala. Cette église de l'unité pastorale Saint-Étienne, est classée aux monuments historiques depuis 1930, et abrite un orgue classé aux monuments historiques, ainsi qu'un musée de la vie passée du quartier de Battant.
Les Bisontins l'appellent de préférence église de la Madeleine.
