Le musée d'Art moderne et contemporain de Strasbourg a été inauguré par Catherine Trautmann, alors ministre de la Culture et ancien maire de Strasbourg, en décembre 1998. Il est construit, par l'architecte Adrien Fainsilber, sur la rive gauche de l'Ill, face au siège du conseil général du Bas-Rhin et à proximité du barrage Vauban et du quartier pittoresque de la Petite France. La place Jean-Arp, sur laquelle s'ouvre le musée, accueille également sur sa partie nord l'École nationale d'administration, installée dans l'ancienne prison Sainte-Marguerite.
Depuis mars 2008, Estelle Pietrzyk, ancienne chargée de mission au musée Picasso, au cabinet des dessins du musée Rodin et à la création du musée Soulages à Rodez, assure la fonction de conservatrice responsable du musée.