О других имениях рода Фарнезе см. вилла Фарнезе и палаццо Фарнезе.Вилла Фарнезина — памятник архитектуры и живописи Высокого Возрождения, расположенный на правом берегу Тибра в римском районе Трастевере.
Вилла была построена в 1506—1510 гг. для сиенского банкира Агостино Киджи по проекту Бальдассаре Перуцци. Это была первая в Риме вилла облегчённого, «павильонного» типа, в сельском стиле, открытая в сторону сада и реки, без внутренних двориков и комнат для аудиенций. Фасад, выходящий в парк, имеет оригинальную композицию: выдающиеся вперёд боковые «крылья» и заглубленная центральная часть с лоджией и фонтаном. Б. Перуцци создал росписи-обманки, или тромплёи , первого этажа виллы с изображением вида Рима через воображаемые колонны . А. Киджи покровительствовал молодому Рафаэлю и поэтому пригласил художника для осуществления росписей второго этажа виллы. Рафаэль вместе с учениками Джулио Романо, Себастьяно дель Пьомбо, Франческо Пенни и Содома создал композицию знаменитой фрески «Триумф Галатеи» по сюжету «Метаморфоз» Овидия, а также декоративные мотивы гротеска. На плафоне картинной галереи Рафаэль с учениками написали фреску на сюжет «Свадьба Купидона и Психеи» . В спальной комнате — роспись Содомы «Свадьба Александра и Роксаны» .
В 1513—1516 годах Рафаэль создал усыпальницу членов семьи Киджи в церкви Санта-Мария-дель-Пополо. Художник скончался в возрасте 37 лет в 1520 году, а несколько дней спустя умер его покровитель Агостино Киджи. В 1577 г. виллу приобрёл кардинал Алессандро Фарнезе, и постройка получила новое уменьшительное название в отличие от Палаццо Фарнезе, расположенного на другой стороне Тибра. Новые хозяева предполагали соединить палаццо и виллу мостом через реку. Вилла сохранила имя Фарнезина и в XVIII веке, когда ею владели неаполитанские Бурбоны.
С 1603 г. на вилле Фарнезина размещалась «Академия рысьеглазых» — Академия литераторов и философов. Академия просуществовала до 1651 года. И в наши дни над воротами в сад виллы можно видеть надпись: Accademia dei Lincei.
Позднее, в 1871 г., Академию воссоздали в соседнем здании — Палаццо Корсини. Ныне Вилла Фарнезина действует как музей. В ней также расположен Национальный кабинет эстампов c собранием рисунков и гравюр художников XV—XIX веков, а также Институт графики, основанный в 1975 году.
Собрание картин, ранее принадлежавшее семьи Киджи, было рассредоточено наследниками и теперь находится в разных музеях. В частности, из собрания Киджи происходит знаменитая картина П. П. Рубенса «Союз земли и воды» . Приобретена в 1799 г. для собрания Императорского Эрмитажа в Санкт-Петербурге.
