I Musei civici di Padova, noti anche come Musei civici agli Eremitani, sono un complesso museale situato in piazza Ermitani nella città di Padova.
I musei civici raggruppano il Museo archeologico e il Museo d'arte medioevale e moderna. Dal 1985 è ospitato nei chiostri dell'ex convento dei frati eremitani, restaurati secondo il progetto degli architetti Franco Albini e Franca Helg. Da alcuni anni fa parte dei musei civici anche il prospiciente palazzo Zuckermann, che ospita il Museo di arti applicate e il Museo Bottacin.
Il nucleo più antico del museo è l'antica collezione dei Canonici Lateranensi di San Giovanni di Verdara resa pubblica nel 1784. Il Convento di San Giovanni fu soppresso nel 1783 e le raccolte artistiche furono assegnate al Comune.
Dopo le soppressioni di enti religiosi avvenute in epoca napoleonica, il nome del Museo fu dato nel 1825 alla raccolta di iscrizioni venetiche, greche e romane che l'abate Furlanetto aveva esposto nelle logge del Palazzo della Ragione.
È annessa al complesso la cappella degli Scrovegni con il celebre ciclo di affreschi di Giotto.
Recentemente, nel piano nobile del Caffè Pedrocchi, è stato allestito il Museo del Risorgimento e dell'età contemporanea.
Nel 2012 è stato visitato da 256.471 persone.
